Энергия мегатонной бомбы распределенная на тысячекилометровый участок - 4 ГДж на км^2. Энергия молнии - несколько ГДж.

При это молния это уже чистое электричество, а бомба это тепло, которое в отсутствие турбин и генераторов переходит в электричество с очень-очень низким КПД.

В общем атомный ЭМИ эквивалентен молнии размазанной на десятки/сотни км^2.

Так что устройство оказавшееся в десятке метров от молнии находится куда в большей опасности чем во время высотного атомного взрыва(и при том машины и самолеты часто переживают удары молний).